叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
序一序二序三序四序五述古八则麻疯二十一论麻疯三十六种辨症图说五不治（轻亦可治）五主治内治九法外治六法疯门总论疯门总药正治诸方变治诸方攻下诸方外治诸方点痣法瘰烂法雷火针法千金方
序一序二高士宗先生手授医学真传医道失传医门经论五运六气六淫外感七情内伤脏腑经络三焦命门气血水火阴阳部位原病治病方药婴儿痘附案伤寒发热恶寒头痛辨舌咳嗽疟暑痢喘呃嚏胀肿蛊隔吐血衄血便血心腹痛中风胎产用药大
太医局诸科程文格
序（一）序（二）序（三）卷一中风通关散稀涎散祛涎散紫金锭乌药顺气散八味顺气散大秦艽汤三化汤羌活愈风汤凉膈散转舌膏搜风顺气丸乌龙丹选奇汤起左汤起右汤小续命汤麻黄续命汤桂枝续命汤白虎续命汤葛根续命汤附子续
万氏家传养生四要
竹林寺女科
嘱言上编总论歌痈疽总论痈疽总论歌痈疽总论歌解痈疽阳症歌痈疽阴症歌阴阳相半歌痈疽善恶歌痈疽五善歌痈疽七恶歌诸般坏症歌中编处方篇锅烈制法金丹制法石青制法银翠制法附∶灵药释性第一方·中九丸第二方·金蚣丸第三
序凡例卷一·慎疾法语省身修德卫生总要饮食宜忌养生铭保命箴寡欲说延年六字诀惜三宝益五脏先时加谨摄生要言勿药须知十二段动功行功六字静功解十二时病为善去疾吕祖治百病符卷二·杂症头疾面疾眼疾耳疾鼻病口病唇病舌
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水