自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
十四经发挥
序卷一月经门经论女子月事属太冲脉盛经论女子血海属于少阴一经经论女子经水温寒与天地相应女子月事本血室以时而下论女子月经本任冲二脉血海有余论女子月事本任督二脉血海之满论妇人月水本于四经论女子天癸之至名月信
医略
鲙残篇
原序卷上中风卒中疟痰喘泻水肿鼓胀胀脾胃伤食积聚诸气诸血证出血不止呕血眩晕头痛脑痛牙疼心痛卷下目痛口糜身重胁痛腰痛虚损劳瘵梦遗不得卧妄见发热渴盗汗白浊淋小便不通大便不通疝痔论附骨疽乳痈子嗣
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
卷之一上草部（山草类）人参珠儿参会兰参潞党参西洋参东洋参高丽参北沙参桔梗甘草葳蕤黄精黄蓍白术苍术天麻秦艽柴胡银州柴胡前胡川独活川独活川独活川独活北细辛远志金毛狗脊淫羊霍巴戟天琐阳肉苁蓉肥白芨参三七地榆
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心